如何用DNAMAN导出序列比对图?

之前在《ESPript:美得令人心动的序列显示工具》一文中给大家介绍了一款好用的在线蛋白序列显示工具,可以在显示蛋白序列的同时显示蛋白二级结构。如果是核酸序列或没有能用的二级结构文件怎么办呢?今天给大家介绍一下如何用DNAMAN软件导出序列比对图片。

1

序列的加载与比对

DNAMAN可以用来进行核酸和蛋白的多序列比对,为了方便比较,本文所用于比对的序列与《ESPript:美得令人心动的序列显示工具》相同。

首先,把要参与比对的序列加载到不同通道中。本文一次性把上次的“lala.aln”文件中的多条序列加载到多个通道中,方法见下图(当然,你也可以将单个序列文件逐一加载到通道中)。注意,打开文件的格式要改为“All Files”,点“否”载入的是蛋白序列。

接下来对导入的序列进行多序列比对,方法见下图,参数全部保持默认,点“下一步”就可以。

比对后的最终结果见下图:

2

着色调整

接下来,对每行序列显示的“字母”个数和着色方案进行自定义。点击Options,进入调整面板,在Preferences下对每行序列显示的“字母”数进行调整(下图粉色线框),也可以更改字体。本文保持默认,每行显示40个氨基酸残基。

在Shading homology下,依据序列相似性水平为序列着色,点击“色块”即可进入自定义颜色窗口,这里我选了类似ESPript的比较鲜艳明快的颜色,当然大家也可以添加使用自己喜欢的颜色,如下图。

3

图片的导出

更改着色之后,就可以导出图片了。图片的导出方法有两种,见下图,但DNAMAN只能导出emf格式的矢量图。

关于emf格式,在《关于图表保存方法的独门秘笈》一文中已做专门的介绍,emf格式可以在Word和PPT直接使用。下面是DNAMAN导出的序列图片在PPT中(裁剪后)的显示效果:

小结

DNAMAN可以用来核酸和蛋白序列比对后的显示,虽然显示效果不太好看,但通过更改字体和配色,也可以输出高质量的序列图片。这里补充下,在《关于图表保存方法的独门秘笈》也提到了用Powerpoint(PPT)进行emf图片的格式转换,但是PPT另存的JPG格式的图片质量不好,建议把整页幻灯片另存为PDF。illustrator(AI)和Inkscape可以打开编辑emf图片,就本次的图而言,效果不太好

    更多精彩 >>> 热点推荐 查看相关信息 更多精彩 精彩图库

    热门推荐
    热门文章